Возникновение грануляции связано с происходящей под фотосферой конвекцией. Отдельные гранулы на несколько сотен градусов горячее окружающего их газа,и в течение нескольких минут их распределение по диску Солнца меняется. Спектральные измерения свидейтельствуют о движении газа в гранулах,похожих на конвективные:в гранулах газ поднимается,а между ними - опускается.Это движение газов порождают в солнечной атмосфере акустические волны,подобные звуковым волнам в воздухе.

Распространяясь в верхние слои атмосферы ,волны,возникшие в конвективной зоне и в фотосфере,передают им часть механической энергии конвективных движений и производят нагревание газов последущих слоёв атмосферы - хромосферы и короны. В результате верхние слои атмосферы с температурой около 4500° К оказываются самыми "холодными" на Солнце. Как вглубь,так и вверх от них температура газов быстро растёт. Расположенный над фотосферой слой называют хромосферой,во время полыых солнечных затмнений в те минуты,когда Луна полностью закрывает фотосферу,виден как розовое кольцо,окружающее тёмный диск. На краю хромосферы наблюдаются выступающие язычки пламени - хромосферные спикулы, представляющие собой вытянутые столбики из уплотнённого газа. Тогда же можно наблюдать и спектр хромосферы,так называемый спектр вспышки. Он состоит из ярких эмиссионых линий водорода,гелия,ионизированного кальция и других элементов,которые внезапно вспыхивают во время полной фазы затемнения. Выделяя излучение Солнца в этих линиях,можно получить его изображение.Хромосфера отличается от фотосферы значительно более неправильной неоднородной структурой. Заметно два типа неоднородностей - яркие и тёмные. По своим размерам они привышают фотосферные гранулы.

В целом распределение неоднородностей образует так называемую хромосферную сетку,особенно хорошо заметную в линии ионизированного кальция. Как и грануляция,она является следствием движения газов в подфотосферной конвективной зоне,только происходящих в более крупных масштабах. Температура в хромосфере быстро растёт,достигая в верхних её слоях десятков тысяч градусов. Самая верхняя и самая разряжённая часть солнечной атмосферы - корона,прослеживающаяся от солнечного лимба до расстояний в десятки солнечных радиусов и имеющая температуру около миллиона градусов. Корону можно видеть только во время полного солнечного затмнения либо с помощью коронографа.